ا- عائق العضوية /إن الكائنات الحية تتكون من أعضاء متداخلة و متكاملة تكاملا وظيفي و يستحيل تحليلها و الفصل بينها كأن نفصل القلب عن الرئتين ، أو الدماغ عن الجسم فإن ذلك سيؤدي الى موت الكائن و يتحول الى ظاهرة جامدة ، عكس الكائنات الفيزيائية القابلة للتحليل يقول بونوف ( ليس من التناقض القول أن البيولوجيا التحليلية تقضي عمليا علة موضوع دراستها )
+ خصائص الظاهرة الحية ( التكاثر+ التطور+ المقاومة...) تعرقل التجريب و تصعب فهم وظائفها و هي تعمل أي دراستها في اطار محيطها الطبيعي ، فلو نقلناها في محيط مخبري ، أي في بيئة اصطناعية اختل توازنها و فقدت العضوية دلالتها الواقعية
ب- عائق تقني /نقص وسائل الملاحظة و التجربة ان الوسائل المستخدمة في الفيزياء لا يمكن استعمالها في البيولوجيا لاختلاف الكائن الحي عن الكائن الجامد كذلك قوانين الحتمية لا يمكن تطبيقها لأن الكائن الحي يتصرف بعفوية ، بالبعض يرى ان هناك قوة حيويةتحرك سائر حوادث الحياة وتخضعها لنظامها الحر مما يضيق مجال التنبؤ –
ج- عائق أخلاقي/لا تزال المنظمات التي تدافع عن حقوق الحيوان تضع حدودا وعوائق مختلفة امام الكثير من التجارب التي تسبب موت الحيوان او تشويه صورته تماما كما كان يحدث في اوربا قديما حيث لجأت الكنيسة الى تحريم عمليات التشريح ،وأصبح من غير الممكن الإطلاع على وظائف الأعضاء الداخلية ،حيث اقتصر المنهج الكلاسيكي على الدراسة السطحية للكائن وفق الخطوات التالية ( الملاحظة الخارجية + الوصف+ المقارنة+ التصنيف)