يعتقد بعض المراقبين أن من أهداف انفصال الجنوب عن السودان، و حتى في ظل بقائه بيد فئة نصرانية معادية للإسلام، في حال الوحدة، فإن الجنوب سيغدو حاجزاً قوياً يمنع تدفق الحضارة العربية الإسلامية إلى أفريقيا، مما يعني قطع الحبل السُري بين الأمة الإسلامية وأفريقيا، في الوقت الذي تنشط هناك الكنائس التنصيرية المختلفة، التي تلقى الدعم الدولي الكافي لتنصير أفريقيا، وتُهدد الأقليات المسلمة في وجودها الحضاري ومستقبلها السياسي، كما أن المخططات الأمريكية والإسرائيلية تنص على استقلال الجنوب عن الدولة الأم، لكون الجنوب يتمتع بثروات طبيعية هائلة، خصوصا النفط والمياه وغيرها من الموارد، وهذا ما يُفسر الاهتمام الأمريكي دور إسرائيل في إفريقيا وأثره علي مستقبل العلاقات الإفريقية العربية" رغبة إسرائيل الملحة في انقسام السودان؛ لأن ذلك يتطابق مع الخطة الصهيوأمريكية لإيجاد شرق أوسط جديد يتم فيه تقسيم دول المنطقة إلي دويلات علي أسس طائفية وعرقية ودينية، مؤكدا أن خطر التقسيم الذي طال العراق والسودان والمطلوب إنجازه في اليمن يمكن أن يطال مصر إلا إذا تحركنا بقوة لإفشال هذه المخطط الخطير.
وكانت تقارير صحفية كشفت مؤخرا أن هناك شحنات كبيرة من الأسلحة بدأت تتدفق من مصادر مختلفة إلى جنوب السودان؛ استعدادا لأي مواجهة مع الخرطوم عام 2011 مع إجراء الاستفتاء المتفق عليه في اتفاقية السلام الشامل لتحديد مصير الإقليم.
وأوضحت التقارير أن جهاز الموساد الإسرائيلي يأتي في مقدمة أجهزة مخابرات دول عديدة متورطة في صفقات تهريب السلاح إلى جنوب السودان.
بتلك المنطقة الإستراتيجية.