ينتسب بني غانية إلى قبيلة مسوفة البربرية الطوارقية التي كانت تستوطن ما يعرف الآن بالصحراء الغربية وموريطانياو امهم غانية، وكان المرابطون كثيرا ما ينسبون أبنائهم لامهاتهم لعادت عندهم، وكانت أسرة بني غانية من كبار الأسر في الدولة المرابطية.
وحدث ان قامت ثورة على دولة المرابطين بزعامة رجل يسمى محمد بن تومرت ادعى فيها انه المهدي المتنظر وكفر فيها المرابطين لانهم لم يؤمنوا بمهدويته واعلن الحرب ضدهم، وعلى الرغم من انه توفي قبل إسقاط دولتهم إلا أن تابعه النجيب عبد المؤمن بن علي تمكن من دخول عاصمة المرابطين مراكش واسقط دولتهم واقام دولة الموحدين على انقاضها.
وفي هذه الفترة كان أحد أبناء أسرة بين غانية اسحاق بن غانية واليا على الجزر الشرقية باسم المرابطين (منروقة ويابسة وميورقة أو جزر البليار حاليا) فلما رأى ما حل بدولتهم استقل بالجزر، ولكنه رأى انه من الاحسن له لموادعة الموحدين للقوة الكبيرة التي أصبحت عليها هذه الدولة خاصى بعد سيطرتها على كل المغرب (المغرب والجزائر وتونس وليبيا) وأجزاء كبيرة من الاندلس. لكن الموحدينما ان اكملوا سيطرتهم على الأندلس في عهد الخليفة يوسف بن عبد المؤمن حتى ارسلوا سنة 579هـ الرسل له تباعا يدعونه للدخول في طاعتهم ويحذرونه من مغبة العصيان؛ وهنا تردد اسحاق في البت في الموضوع وخرج في غزوة إلى قطلونيا (كاتالونيا) فاستشهد في هذه الغزوة دون أن يبت الأمر.
فلما تولى ابنه محمد بن اسحاق بن غانية الحكم اظهر استعدادا لقبول طاعة الموحدين، غير ان اخوته رفضوا ذلك وعزلوه وولوا عليهم اخاهم علي بن غانية[1].