ذهب عمر إلى الجغبوب بليبيا لإتمام دراسته وبقي بها ثمانية أعوام، وأظهر من الصفات الخلقية السامية ما حبّب فيه شيوخ السنوسية.
والسنوسية، دعوة إسلامية أسسها الشيخ العالم المجاهد محمد بن علي السنوسي في تلك البلاد. أحبه شيوخ السنوسية وزعماءها فتمتع بعطفهم ونال ثقتهم حتى إن السيد محمد المهدي السنوسي عند انتقاله من جغبوب إلى الكفرة عام 1895م اصطحب عمر المختار معه.
وفي عام 1897م عيّنه السيد المهدي شيخًا لزواية القصور بالجبل الأخضر قرب المرج. وكان يقطن بهذه الزاوية، وحولها قبيلة العبيد، وهم أناس عرفوا بشدة المراس وقوة الشكيمة، وقد اختاره السيد المهدي لهذه الزاوية حتى يسوس شئونهم باللين تارة وبالعنف تارة أخرى، وحقق المختار ما عقده السيد المهدي على إدارته الحازمة من آمال.
وعندما قرر السيد المهدي الانتقال إلى السودان الغربي سنة 1312هـ كان المختار في طليعة من ذهبوا معه، وذلك حتى يسهم بنصيب في القتال الذي نشب وقتذاك بين السنوسية والفرنسيين في المناطق الجنوبية وحول واداي.
وأقام المختار في "قرو" مدة من الزمن، ثم عينه السيد المهدي شيخًا لزاوية "عين كلك" فاستمر المختار بالسودان الغربي وقتًا طويلاً نائبًا عن السيد المهدي السنوسي ، وكان يقوم بتعليم أبناء المسلمين وينشر الإسلام في هذه البقاع النائية، فالمختار داعية كبير، له أثر واضح في الدعوة إلى الإسلام تميز بالمحاورة والإقناع وحسن الإرشاد والتوجيه.. إنه أستاذ في هذا الفن.. أبت نفسه الكبيرة أن يكتم ما يعلم وأن يقعد مع القاعدين، فانطلق يبشر برسالة الإسلام، وينقل الناس من الضلالة إلى الهدى ومن الظلام إلى النور.
وفاة السيد المهدي السنوسي عام 1902م

هذا ما استطعت أن أجلب لك من معلومات ..... أخي الكريم ........ مع تحياتي ......