- Les agents pathogènes opportunistes : Leur incrimination s'appuie sur la fréquence de leur isolement en hémoculture, la ou les portes d'entrée potentielles dans l'organisme et le statut immunitaire du patient .En effet, ces agents font partie de la flore normale du corps humain et animal et sont même parfois des saprophytes de l'environnement.
Leur caractère ubiquitaire en fait de fréquents contaminants des milieux de culture et le microbiologiste ne peut statuer sur leur rôle dans le syndrome infectieux sans l’aide d’une fiche de renseignements cliniques détaillée.
On suspecte souvent une ou plusieurs portes d’entrée , en particulier en milieu hospitalier.
On peut distinguer entre autres, les Staphylocoques (espèce aureus ou à coagulase négative), les Enterocoques mais beaucoup plus souvent des bacilles à gram négatif tels les Entérobactéries et Pseudomonas aeruginosa.
De même, on assiste depuis une vingtaine d'années à l'émergence croissante en milieu hospitalier, de microorganismes appelés nouveaux agents d'infection nosocomiale, connus jusqu'alors comme de banales bactéries de l'environnement : Nous citerons Acinetobacter baumanii et Stenotrophomonas maltophilia.
Ces germes jouent un rôle non négligeable comme agent d'infections nosocomiales et sont souvent difficiles à éradiquer à cause de leur multi résistance aux antibiotiques.