كان عام 1995 عاماً حافلاً بالنشاط بالنسبة لتنظيم القاعدة فقد أراد قائده الميداني أيمن الظواهري تدشين نشاط الجبهة الجديدة بعدة عمليات للتأكيد على قوة الشبكة الإسلامية المسلحة، خاصة بعد إحباط السلطات الأمنية في مصر لعمليتين إرهابيتين خطط لهما الظواهري بعناية فائقة.
كانت أولى تلك العمليات أو الرسائل هي محاولة اغتيال الرئيس مبارك في أديس أبابا. فقد دُهش جميع المراقبين والمتابعين لظاهرة العنف الديني المسلح في مصر والعالم بحدوث هذه المحاولة الفاشلة لاغتيال الرئيس مبارك في هذه المنطقة بالذات. واتجهت الأنظار إلى السودان والبعض وجه سهام الاتهام إلى جهاز الأمن الأثيوبي، ولم ينتبه أحد إلى وجود أكثر من ألف وستمائة إرهابي مسلح ينتمون لشبكة تنظيم القاعدة منذ عام 1992 في منطقة شرق أفريقيا.
وقد امتدت قواعد تنظيم القاعدة من الجنوب عند مدينة قسمايو وباتجاه الشمال في منطقة الأوجادين (إثيوبيا) مروراً بمدن بردهيرا وجاليكيو وبوصاصو بالصومال.
وقد استفاد طاقم العمليات الخاصة بالجماعة الإسلامية المصرية من هذه الشبكة كثيرا عندما قاموا بتنفيذ محاولة اغتيال الرئيس مبارك.
وبعد خمسة أشهر فقط من فشل الرسالة الأولى (محاولة اغتيال مبارك) استطاع الظواهري أن يرسل رسالة أخرى شديدة اللهجة تمثلت في تفجير السفارة المصرية في باكستان. فقد جاءت تلك العملية لتبعث برسالتين في وقت واحد :
الأولى : إدخال الرعب في قلوب الوفود الأمنية المصرية رفيعة المستوى التي كانت تتخذ من السفارة المصرية في باكستان مركزا لمتابعة أخطر عناصر القاعدة من المصريين والعرب في بيشاور.
والثانية : توجيه إنذار لحكومة بناظير بوتو التي كانت قد وعدت الأمير تركي بن عبد العزيز مدير المخابرات السعودية آنذاك بأنها ستتعاون مع الحكومتين السعودية والمصرية فيما يخص ملف الأفغان العرب .
وأخيرا : جاء انفجار الخبر الذي تسبب في مقتل تسعة عشر جندياً أمريكيا وجرح المئات كان بينهم عدد كبير من المدنيين السعوديين، ليضع حدا فاصلاً في المحطة السودانية لتنظيم القاعدة. ولتبدأ محطة جديدة في إدارة أكبر وأخطر صراع شهده القرن الماضي وما زالت فصوله ماثلة حتى الآن على خشبة المسرح السياسي العالمي. فنتيجة لنتائج العمليات وحجمها الكبير والخطير مما جعل من حكومات تضغط على هذا التنظيم غادر بن لادن وقائده الميداني أيمن الظواهري ومعهما 125 كادراً من أخلص أتباعهما إلى أفغانستان فجر يوم 19 أغسطس 1996، واستقبلتهم حركة طالبان الحاكمة آنذاك في أفغانستان بترحاب شديد، وخصصت لهم مناطق للإقامة ينطبق عليها مفهوم الحكم الذاتي. ومنذ ذلك التاريخ ظل تنظيم القاعدة يخطط لعملياته من أفغانستان.