Voila le programme de cour de magister djelfa

biosamir · 2011-10-02, 13:09

I1. GENIE GENETIQUE
1. Enzymes utilisées en Biologie moléculaire
- Nomenclature
- Mode d’action
2. Mutagénèse : aspects appliqués
- Mutagénèse classique
- Mutagénèse dirigée
3. Recombinaison in-vitro, clonage et manipulation génétique
- Différentes sources possibles et préparation de l’ADN à cloner
- Différents types de vecteurs et leur particularité
- Stratégies de recombinaison de l’ADN à cloner avec l’ADN vecteur
- Les cellules hôtes et les différents modes de transfert de l’ADN
- Construction de banques
- ADN génomique
- ADN complémentaire (ADNc)
- Sélection et criblage des clones recombinants
- Méthodes d’analyse du gène purifié
- hybridation
- restriction et séquençage
- Expression des gènes clonés
- Applications, perspectives et limites du clonage

biosamir · 2011-10-02, 13:10

BIOCHIMIE

I. Structure des glucides
1. Monosaccharides et dérivés
2. Oligosaccharides
3. Polysaccharides
4. Micro-polysaccharides

II. Structure des lipides
1. Lipides simples
2. Lipides complexes

III. Structure des prot‚ines
1. Amino acides
2. Peptides et protéines

IV. Enzymologie
1. Catalyse et cinétique des réactions enzymatiques
2. Structure des enzymes
3. Mécanisme des réactions enzymatiques
4. Spécificité de l'action enzymatique

V. Structure des vitamines et des coenzymes

VI. Bioénergétique (Phosphorylation et photophosphorylation)

VII. Structures des acides nucléiques

biosamir · 2011-10-02, 13:11

MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE

I. INTRODUCTION : Rappels sur la classification des micro-organismes
- Les unités de la classification biologique
- Notion de l’espèce bactérienne
- Notion de clone, biotype
- Les différents types de classification

II. LES GRANDS GROUPES MICROBIENS INTERESSANT LA
MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE
1. Les ferments lactiques
- Définition et métabolisme fermentaire
- Propriétés générales et habitats
- Classification et étude de quelques genres
- genre : Strepotococcus
- genre : Leuconostoc
- genre : Lactobacillus
- genre : Lactococcus
- Rôle et importance pratique (acidification, activité protéolytique, production d’arômes, de viscosité, de gaz, de dextranes, dosages microbiologiques,...)
2. Les entérobactéries
- Caractères généraux du groupe
- Classification et techniques d’identification
- Etude de quelques genres
- genre : Escherichia
- genre : Klebsiella
- genre : Salmonella
- genre : Shigella
- genre : Proteus
3. Les bactéries sporulées (caractères généraux, siolement, identification)
- Les bactéries sporulées aérobies: étude du genre Bacillus
- Les bactéries sporulées anaérobies: étude du genre « clostridium »
4. Les microcoques (classification, caractères généraux, siolement, identification et étude du genre Staphylococcus)
5. Autres bactéries (classification, caractères généraux, siolement,
identification, intérêt)
- Les bactéries saprophytes (genre: Pseudimonas et Acetobacter)
- Les bifidobactéries
- Les vibrions
- Les actinobactéries
- Les brucelles
6. Les levures
- Caractères généraux
- Classification
- Rôles dans l’alimentation (utiles et nuisibles)
7. Les moisissures
- caractères généraux
- Classification
- Rôles dans l’alimentation (utiles et nuisibles)

III. LES ALT2RATIONS MICROBIENNES DES ALIMENTS ET
LES MOYENS DE LUTTE
1. Les divers aspects de la bactériologie alimentaire
2. Les facteurs influençant la flore d’altération des aliments
- Les facteurs du milieu (pH,potentiel d’oxydo-réduction, Aw, température, état des nutriments en présence, effect des sels, effet du sucre,...)
- Les facteurs induits par l’effet de traitements physiques et physico-chimiques
3. Les moyens de lutte
- Les moyens physiques
- inhibition à basse température
* effets de la réfrigération
* effets de la congélation
* problèmes posés par les germes psychrophiles
- destruction thermique
* effets des traitements de thermisation, blanchiment, pasteurisation et stérillisation sur les micro-organismes
* problèmes posés par les germes sporulés
- effets des pressions partielles en O2 ,N2 et CO2 sur la prolifération des micro-organismes
- effets de la bactofugation et de la filtration
- effets des radiations
- Les moyens chimiques et biologiques
- acidification du milieu
- addition du sel (cas des germes halotolérants)
- addition d’antiseptiques
- addition d’antibiotiques
- autres moyens

IV. CATEGORIES D’ALIMENTS ET ACTIVITES MICROBIENNES
1. Les sucres et les produits riches en sucres
2. Les céréales et ses dérivés
3. Les légumes et les fruits frais
4. Les laits et les produits laitiers
5. Les viandes et les produits carnés

biosamir · 2011-10-02, 13:12

MICROBIOLOGIE GENERALE

CHAPITRE I. Le monde microbien
1. Historique
2. Place des microorganismes dans le monde vivant
3. Caractéristiques générales de la cellule procaryote

CHAPITRE II. La cellule bactérienne
1. Techniques d'observation de la cellule
2. Morphologie cellulaire
3. La paroi
3.1. Composition chimique
3.2. Structure moléculaire
3.3. Fonctions
3.4. Coloration de Gram
4. La membrane cytoplasmique
4.1. Composition chimique
4.2. Structure
4.3. Fonctions
5. Le cytoplasme
5.1. Ribosomes
5.2. Substances de réserve
6. Le chromosome
6.1. Morphologie
6.2. Composition chimique
6.3. Structure
6.4. Réplication
7. Les plasmides
7.1. Structure
7.2. Réplication
7.3. Propriétés
8. Capsule
8.1. Morphologie
8.2. Composition chimique
8.3. Fonctions
9. Les cils et flagelles
9.1. Mise en évidence
9.2. Structure
9.3. Fonctions
10. Spore
10.1. Morphologie
10.2. Structure
10.3. Phénomène de sporulation
10.4. Propriétés
10.5. Germination
11. Bactéries intracellulaires
11.1. Chlamydies
11.2. Rickettsies

CHAPITRE III. Classification Bactérienne

CHAPITRE IV. Nutrition Bactérienne
1. Besoins élémentaires
2. Facteurs de croissance
3. Facteurs physiques

CHAPITRE V. Croissance Bactérienne
1. Mesure de la croissance
2. Paramètres de croissance
3. Courbes de croissance
4. Culture des bactéries

CHAPITRE VI. ****bolisme microbien
1. Enzymes
2. Types respiratoires
3. Métabolisme des glucides
4. Métabolisme des lipides
5. Métabolisme des protéines

CHAPITRE VII. Les agents antimicrobiens
1. Définitions
2. Action antimicrobienne
3. Agents antimicrobiens physiques
4. Agents antimicrobiens chimiques
5. Agents chimiothérapeutiques

CHAPITRE VIII. Introduction à la mycologie : Les levures
1. Classification
2. Morphologie cellulaire
3. Méthodes d'isolement
4. Méthodes d'identification
5. Reproduction

CHAPITRE IX Les virus
1. Morphologie des virus
1.1. La capside
1.1.1. Symétrie cubique
1.1.2. Symétrie hélicoïdale
1.2. Les enveloppes
2. Virus spécifiques des Eucaryotes
2.1. Virus à ARN
2.2. Virus à ADN
3. Virus spécifiques des procaryotes
4. Résistance des cellules aux virus

CHAPITRE X Rôles des microorganismes dans l'industrie
1. Rôle utile
2. Rôle néfaste

biosamir · 2011-10-02, 13:17

هذا ملخص زين نتاع ميكروبيولوجي جنيرال https://www.fsr.ac.ma/cours/biologie/...%20-%20SVI.pdf

https://books.google.fr/books?id=S00G...page&q&f=false

viola livre microbiologie général
https://www.4shared.com/document/vGWj...ogie_gnral.htm

ginie gintique https://www.sesep.uvsq.fr/formation/methodes.html

ginie gintique https://pageperso.lif.univ-mrs.fr/~mi...ts/clonage.pdf

ginie gintique https://www1.montpellier.inra.fr/bioc...TD_clonage.pdf

https://www.4shared.com/document/uh-6...imentaire.html
microbiologie alimentaire

samibio · 2011-10-02, 13:36

شكرا اخي الكريم ربي يجزيك خير ويعطيك ماتتمنى
+
لو امكن دروس microbiologie alimentaire

biosamir · 2011-10-02, 14:04

https://www.chups.jussieu.fr/polys/bi...h/SGLbioch.pdf
biochimie

biosamir · 2011-10-02, 14:19

Les bactéries lactiques

Les bactéries
lactiques sont des micro-organismes utiles à l'homme lui permettant de
fabriquer et de conserver un nombre important de ses aliments. elles
sont surtout connues pour le rôle qu’elles jouent dans la préparation
des laitages fermentés, elles sont utilisées également dans le
saumurage des légumes, la boulangerie, la fabrication du vin, le
saurissage des poissons, des viandes et des salaisons(EUFIC,1999).
Elles sont devenues les principaux candidats probiotiques et bénéficient d’un statut GRAS (Generally Regarded As Safe) (Ait Belghanaoui, 2006).
2-Définition

Les bactéries lactiques regroupent un ensemble d'espèces hétérogènes (Labiouiet al.,2005). Ce
sont des cellules vivantes, autonomes et procaryotes (Doleyres, 2002),
dont le trait commun est leur aptitude à produire de l’acide lactique
suite à la fermentation des glucides(Ait Belghanaoui, 2006). Cette
transformation génère de une ou deux molécules d’ATP, en fonction de la
voie métabolique homo ou hétérolactique (Raimbiault, 2005)
_ Voie
d'Embden-Meyerhof : homofermentation, dont laquelle l'acide lactique
est le principale ou le seul produit du métabolisme excrété à partir du
substrat (Larpent-Gourgaud et al., 1997).

_ Voie
de Dickens-Horecker : hétérofermentation, conduisant à l’acide lactique
en mélange avec d’autres produits d’excrétion comme le CO2, acide
acétique, éthanol,…selon les microbes considérés(Bourgeois et Bouix,
1980).
3- Caractères généraux des bactéries lactiques

Les bactéries
lactiques sont des cocci ou des batonnets (Larpent, 1989) elles sont en
générale aérotolérantes. Cependant certaines espèces habitant par
exemple le tube digestif des animaux sont anaerobies strictes, même en
présence d'O2, elles sont incapables de réaliser la phosphorylation
oxydative. Elles sont Gram-positif; généralement immobiles et
asporulées (Delaglio et al., 1994).

Elles
ne possèdent ni catalase, ni nitrate réductase, ni Cytochrome oxydase.
En plus de cela ne liquéfient pas la gélatine, ne produisent pas
d'indole ni d'hydrogène sulfureux(Delaglio et al., 1994)
4- Habitat

Les bactéries
lactiques sont ubiquistes et on les trouve dans différentes niches
écologiques comme le lait et les produits laitiers, les végétaux, la
viande, le poisson, les muqueuses humaines et animales et dans le
tractus digestif (Douault et Corthier, 2000)et ont été également
retrouvées dans le sol, les engrais, et les eaux d’égout (Holzapfel et al., 1996. Cité par Givry, 2006).
5- Taxonomie des bactéries lactiques

La taxonomie des
bactéries lactiques a été basée sur la coloration de Gram et il est
possible de les classer suivant la nature des produits du métabolisme
bactérien obtenus à partir des glucides (Givry, 2006).
Les
bactéries lactiques regroupent 11 genres dont les plus étudiés sont
Lactobacillus, Lactococcus, Streptococcus, Leuconostoc, Oenococcus
Enterococcus et pediococcus (Stiles et Holzapfel, 1997. Cité par Givry,
2006)
5.1- Le genre streptococcus
Ces
bactéries sont des cocci sphériques ou ovoïdes regroupées en paires ou
en chaînettes, en générale immobiles, à partir des glucides leur
métabolisme est homofermentaire, elles produisent un certain nombre
d'agents antimicrobiens (Larpent, 1990).
5.2- Le genre lactobacillus

Le
genre Lactobacillus est quantitativement le plus important des genres
du groupe des bactéries lactiques (Euzeby, 2004), leur morphologie
microscopique varie d'une espèce à l'autre de coccobacilles aux
bacilles fines et allongés (Euzeby, 2000) On rencontre des
Lactobacillus dans la flore intestinale et la flore vaginale (Jofin,
2004).

Selon (Pilet et al., 1996) Le genre lactobacillus se subdivise en trois groupes:
·Groupe 1 :Thermobacterium

·Groupe 2 :Streptobacterium

·Groupe 3 :Betabacterium

hasna-biologie · 2011-10-02, 14:19

en fiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiin
depuis des jours wana nestana ...golt khlasssssssssssssssss ghir makalah nestana fi les etudiants ta3 djelfa

allah yjazik akhe biosamir
merccccccccccccccccccccccci bcp

biosamir · 2011-10-02, 14:21

5.3

- Le genre lactococcus
Ce
sont les streptocoques mésophiles (Hallem, 1991).Ils se présentent sous
forme de coques, qu'on trouve isolés, en paires ou en chaînettes de
longueur variable (Desmazaud, 1996), ce sont des organismes
homofermentaires ne produisant que de l'acide lactique L (+) (Delaglio,
1994).

5.4- Le genre leuconostoc
Les
cellules de leuconostoc sont des coques disposées en paires ou en
chaînes comme les streptocoques mais cette bactérie est
hétérofermentaire produisant de l'acide D (-) lactique, de l'éthanol et
du CO2, ses espèces sont caractérisées par la production à partir du
citrate du lait, de diacetyl, parfois du citrate, et de dextranes et de
levanes en présence de saccharose (Novel, 1993).
5.5- Le genre pediococcus
Les
pediocoques sont des germes microaerophiles à besoins nutritifs
complexe, leur fermentation homolactique donne parfois l'acide lactique
racémique, mais fréquemment la forme L prédomine (Guiraud, 1998).
6- Les exigences nutritionnelles des bactéries lactiques

Si les bactéries lactiques sont considérées comme un des groupes
bactériens les plus exigeants du point de vue nutritionnelle, c’est
parce qu’elles requièrent non seulement des substrats complexes
carbonés, azotés, phosphatés et soufrés, mais aussi des facteurs de
croissance comme les vitamines et les oligo-éléments dont le rôle de
cœnzyme a été déjà développé (Luquet ,1986).
6.1- Les glucides
Pour
croître, les bactéries lactiques ont besoin d'un apport de nutriments
comportant au moins un sucre fermentescible comme source d'énergie. La
fermentation des sucres s'effectue essentiellement en trois étapes.
Premièrement, le transport du sucre à travers la barrière hydrophobe de
la membrane cellulaire. Deuxièmement, le catabolisme intracellulaire du
sucre et enfin la formation et I'expulsion extracellulaire des
métabolites terminaux généralement acides (Monnet et Gripon, 1994).

Deux
types de métabolismes fermentaires sont rencontrés. Un métabolisme
aboutit de façon quasi-exclusive à la production d’acide lactique
(caractère homofermentaire). L’autre peut produire de l’acide lactique,
mais également de l’éthanol et de l’acide acétique suivant les
conditions de cultures (caractère hétérofermentaire) (Renouf, 2006)
6.2- L'azote

Les bactéries lactiques exigent aussi l'apport exogène d'acides aminés
pour leur croissance car elles sont incapables, pour la plupart, d'en
effectuer la synthèse à partir d'une source azotée plus simple
(Desmazaud, 1983).

Elles ne peuvent absorber et utiliser que des acides aminés libres, ou
des peptides courts (peptidases, dipeptidases). Leur nutrition azotée
exige donc l'hydrolyse des grandes protéines du lait, et notamment les
caséines, par des enzymes (les protéases) situées dans la paroi
extérieure de la cellule (Desmazaud, 1998).

6.3- Les vitamines

Les vitamines jouent dans le métabolisme cellulaire le rôle
irremplaçable de coenzyme. Les bactéries lactiques sont, à quelques
exceptions près, incapables de synthétiser des vitamines (Desmazaud et
De Roissart, 1994), d'où l'importance d'un apport exogène de vitamines
au milieu de culture (Cocaign-Bousquet et al., 1995).

6.4- Les minéraux

La nécessité des ions dans le métabolisme s'explique d'abord par leur
fonction de cofacteur pour de nombreuses enzymes (Novel, 1993).

Du point de vue transport, le fer est un élément important puisqu'il a
des affinités pour un grand nombre de molécules chelatrices. Il
augmente la croissance et la production d'acide lactique pour les
lactocoques et une carence en cet élément donne lieu à une diminution
de ce même acide (Boyaval, 1989).

Le potassium, quant à lui, est un cofacteur pour plusieurs enzymes
bactériennes et un niveau élevé de K+ dans le cytoplasme est requis
pour la synthèse protéique. De plus, le système du K apparaît être très
important pour contrôler le pH cytoplasmique (Desmazaud, 1983).
6.5- L'oxygène

Les bactéries lactiques sont communément appelées microaerophiles.
Ainsi, elles tolèrent de petites quantités d'oxygène, mais de trop
grandes teneurs en ce gaz peuvent leur être néfaste. La relation des
bactéries lactiques avec l'oxygène a probablement un lien avec le
peroxyde d'hydrogène (H2O2) produit dans la cellule en présence d'air.
Il faut éliminer le H2O2, car son accumulation devient toxique
(Vignola, 2002).
7- Rôle des bactéries lactiques

7.1- Rôles technologiques
7.1.1- Production d'aromes
Certaines
bactéries lactiques sont capables de produire des composés d’arômes qui
participent aux qualités organoleptiques des fromages. La plupart des
composés d’arôme sont issus du métabolisme du citrate : l’acétoïne et
le diacétyle sont les plus importants (Aubert, 1998).

7.1.2- Production d'exopolysaccharides
Certaines
souches de bactéries lactiques ont la capacité de synthétiser et
d'excréter, au cours de leur croissance, des polymères de sucre appelés
polysaccharides exocellulaires ou EPS, qui permettent d'améliorer la
texture et la viscosité du produit fini (Dupont, 1998). En général, la
présence de polysaccharides dans des produits fermentés, tels les
yogourts, permet d'augmenter l'homogénéité du produit et rend sa
présentation plus agréable (Desmazaud, 1983).

7.2- Rôle dans la conservation
Les bactéries lactiques jouent un rôle essentielle dans la conservation des produits alimentaires (Bousmaha et al.,
2005), elles sont capables de produire une variétés de produits
inhibiteurs dont les effets peuvent se répercuter sur la flore lactique
elle-même mais aussi sur la flore indésirable ou pathogène (Piard et
Desmazaud, 1991).
7.2.1- Production d'acides et diminution de pH
Les
acides organiques sont produits par les bactéries lactiques lors du
processus de fermentation et permettent d’inhiber la croissance des
levures et d’autres bactéries qui ne peuvent se développer à pH acide.
L’effet inhibiteur de ces acides organiques est principalement provoqué
par les molécules non dissociées qui diffusent à travers les couches
lipidiques des membranes des microorganismes provoquant ainsi un
abaissement du pH dans le cytoplasme qui a pour conséquence la
déstabilisation des cellules (Brillet, 2005).
7.2.2- Production de peroxyde d'hydrogène

La
production et l'accumulation de peroxyde d'hydrogène crée un
environnement toxique pour les cellules non équipées de système de
protection capable de dégrader ce composé. Son accumulation est
inhibitrice vis-à-vis des souches qui génèrent de peroxyde mais aussi
vis-à-vis d'autres microorganismes (De Roissart et Luquet, 1994).

7.2.3- Production de bactériocines

Les
bactériocines sont des substances de nature protéique synthétisées par
des bactéries et qui ont un pouvoir antibactérien dirigé contre des
bactéries taxonomiquement proches du micro- organisme producteur
(Daoudi, 2000). Ces peptides antibactériens ont une action contre les
bactéries à Gram positif associées à l’altération de la qualité
hygiénique des aliments et à certaines pathologies humaines (Ennahar,
2007).

D'autres
agents antimicrobiens sont ainsi produites : dioxyde de carbone (CO2),
l’acide acétique, le Diacétyle et l’acétaldéhyde (Drider, 2004)
8- Les bactéries lactiques et leur action probiotique

Le terme
probiotique dérive de deux mots grecs « pro » et « bios » et signifie
littéralement « en faveur de la vie » (Roberfroid, 2002). Un
probiotique est un microorganisme vivant qui est lorsqu’il est ingéré
en quantité suffisante il exerce un effet positif sur la santé
(Dacosta, 2001).

Les
bactéries lactiques sont de plus en plus utilisées en alimentation
humaine et animale pour leurs effets probiotiques (Givry, 1996). Parmi
ces effets on peut citer :
·Les
bactéries lactiques exercent un effet inhibiteur sur le développement
et la synthèse de toxines par autres microorganismes pathogènes
(Karovicova et Kohajdova, 2003) ;

·Les bactéries lactiques possèdent des propriétés antitumorales qui pourraient être due à:

oL'inactivation ou l'inhibition des composés carcinogènes dans le tractus gastro-intestinal.
oLa
réduction des activités enzymatiques des bactéries intestinales telle
que la β.glucoronidase, l'azoréductase et la nitroréductase (Chafai
,2006).

·La prévention et traitement des diarrhées dues aux infections gastro-intestinales (Lyons, 2000) ;

·Certaines
souches de bactéries lactiques ont la capacité de déconjuguer les sels
biliaires : les formes déconjuguées ont un pouvoir inhibiteur plus
important sur le développement des bactéries que les formes conjuguées ;
·Certaines
souches de probiotiques notamment les lactobacilli excrètent la
β.galactosidase souvent déficiente dans le tractus digestif de l'hôte
et facilitent la digestion du lactose, elles stimuleraient l'activité
enzymatique des microorganismes endogènes, permettant ainsi une
meilleure assimilation des aliments. Elles stimuleraient également les
activités lactase et invertase des cellules épithéliales du tractus
digestif (Larpent et Larpent-Gourgaud, 1997) ;
·La
diminution de la cholestérolémie par réduction de l’absorption
intestinale du cholestérol endogène et exogène et la diminution de sa
synthèse dans le foie (Roberfroid, 2002