الكلور خيار رخيص لمعالجة المياه يستخدم لتحسين مذاق وصفاء المياه في الوقت الذي يقتل فيه الكثير من الكائنات الدقيقة مثل البكتيريا والفيروسات. ومع ذلك، ثمة حدود لتلك العملية. فالجيارديات والكريبتوسبوريديوم تقاومان بصورة عامة الكلور ما لم يستخدم بجرعات أكبر من تلك المفضلة للمعالجة. وقد يستدعي وجود هذه الطفيليات معالجة مسبقة لمصدر المياه.
كما يزيل الكلور مواد مثل المنجنيز، والحديد، وكبريتيد الهيدروجين، التي يمكن أن تفسد مذاق المياه.
ويمكن خفض التطهير بالكلور ليلائم حجم أي نظام. كما أن استخدام الكلور بسيط نسبيا، ولا تحتاج نظم المعالجة لخبرة تقنية مكثفة.
ويمكن تطهير المياه بالكلور عن طريق عدة منتجات مختلفة. فالكلور يخزن كسائل في حاويات مضغوطة ويحقن كغاز مباشرة في مياه المصدر. ويجب أن تنظم وتنسق هذه العملية بعناية، نظرا لأن غاز الكلور سم خطير- بل وقاتل.
وتتطلب جميع وسائل التطهير بالكلور بعض الوقت للتفاعل –فالتطهير لا يحدث فورا. كما أن الجرعات المطلوبة تتغير مع التقلبات في نوعية المياه، ولذلك فإن مراقبة مصدر المياه، لا سيما المياه السطحية، جزء مهم من عملية المعالجة.